Stüfen, Frank, Freiheit im Vollzug. Heiligungs- und befreiungsorientierte Seelsorge im Gefängnis, TVZ: Zürich, 2020.
Stüfen/Rottler, Corona-Studie zur Lage der Gefängnisseelsorge während des Lockdowns von März bis Juni in der Schweiz, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2021.
Stüfen/Reininger, Bibliografie zur Gefängnisseelsorge. 1996-2022, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2022.
Stüfen/Rottler/Diez/Beerli, Eine qualitativ-empirische Studie zur Selbst- und Fremdwahrnehmung der Gefängnisseelsorge im Kanton Zürich, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2023.
Stüfen/Reininger, Bibliografie Gefängnisseelsorge. Ergänzungsband, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2023.
Stüfen/Müller-Monning/Kayales (Hg.) Paradigmenwechsel in der deutschsprachigen Gefängnisseelsorgeausbildung, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2024.
Stüfen (Hg.), Seelsorgliche Schweigepflicht im Freiheitsentzug, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2025.
Stüfen (Hg.), Predigten hinter Gittern. Aktuelle Texte aus Deutschland, Österreich und der Schweiz, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2025.
Stüfen (Hg.), Schuld und Strafe. Beiträge zu zwei Tagungen, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2025.
Buchkapitel
Stüfen, Frank, Weihnachten im Gefängnis, in: Und der Stern zog vor ihnen her. Zürcher Weihnachtsgeschichten, hrsg. von Christine Voss, TVZ: Zürich 2012, 95–99.
Stüfen, Frank, Spiritual Help during Detention: Specific Responses to Different Stages and Types of Imprisonment, in: Elger, Ritter, Stöver (Hg.), Emerging Issues in Prison Health, Springer: 2017.
Stüfen/Rottler, Religiosität im Alter im Gefängnis. Anmerkungen aus der Perspektive der Gefängnisseelsorge, in: Religiosität im Alter, hrsg. von Bachmaier/Seeberger, Wallstein: Göttingen, 2022.
Stüfen, Rechtstexte zur Gefängnisseelsorge in der Schweiz, in: Rechtstexte zur Gefängnisseelsorge in Deutschland, Österreich und der Schweiz, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2022.
Stüfen/Rottler, Die Gefängnisseelsorge und deren Beitrag zur Pandemiebewältigung, in: Baier/Wegel (Hg.), Covid-19 im Strafvollzug, Nomos, 2022, 177–205.
Stüfen, Frank, «Ohne Schmerz weiss ich gar nicht, dass es mich gibt» Seelsorge im Gefängnis, in: Noth/Faber (Hg.) Seelsorgebegegnungen. Praxisbeispiele theologisch reflektiert, Vandenhoeck & Ruprecht 2023, 53–60.
Broschüren
Stüfen, Frank, Auf gutem Weg. Handreichung zur Gefängnisseelsorge, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 3. Auflage 2023.
Stüfen, Frank, Assistierter Suizid im Freiheitsentzug. Eine Positionsschrift. Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2021.
Stüfen, Frank, Baur, Isabel et al., Seelsorgliche Schweigepflicht in prekären Situationen, Verlag für Gefängnisseelsorge: Zürich 2025.
Zeitschriftenartikel
Stüfen, Frank, Das Mitmenschliche als Gegenentwurf zu lebenslanger Exklusion, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 1 2018, 29–50.
Stüfen, Frank, Opferorientierte Seelsorge als kirchliche und gesellschaftliche Notwendigkeit, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 2 2019, 55–84.
Stüfen, Frank/Iseli, Karoline, Assistierter Suizid im Gefängnis. Überlegungen zu Gefangenen und Angehörigen, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 3 2019, 7–35.
Stüfen, Frank, Assistierter Suizid: Diskussion eines Grundlagenpapiers, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 3 2019, 36–54.
Stüfen, Frank, Seelsorge als Minimalmotivation für stationäre Therapie? Überlegungen zum Bundesgerichtsentscheid 6B _543/2015, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 4 2020, 49-72.
Stüfen, Frank, Freiheit im Vollzug. Ein historischer, ethischer und theologischer Blick auf die Gefängnisseelsorge im Behandlungsvollzug, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 5 2020, 65–82.
Stüfen, Frank, Der assistierte Suizid in der Justizvollzugsverordnung des Kantons Solothurn, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 8 2022, 28–37.
Kohler/Stüfen, Menschen sprach- und gefühlsfähig machen. Ein Praxisversuch mit Restorative Justice in der Untersuchungshaft, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 8 2022, 55–65.
Stüfen, Frank, Die neue Richtlinie zum assistierten Suizid und ihre Bedeutung für die Gefängnisseelsorge, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 9, 2022, 73-78.
Stüfen/Liesch, Seelsorge und Raum. Überlegungen zu einer wenig beachteten Interdependenz, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 10 2023, 30-58.
Stüfen/Begovic/Rebelo, Schweigepflicht für die muslimische Seelsorge im Gefängnis. Eine Einordnung aus praktischer Sicht, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 10 2023, 72–92.
Stüfen, Frank, Restaurative Justiz in der Familienarbeit von Gefangenen, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 11, 2023, 46-55.
Stüfen, Frank «Therapie als Gewaltverhältnis», in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 13, 2024, 38–44.
Stüfen, Frank, «Wir waren Gemeinde im Exil» Frank Stüfen interviewt Rolf Lüdemann, in: Seelsorge & Strafvollzug Heft 13 2024 45–54.
Stüfen/Nafzger, Der Umgang mit dem Bösen in der Gefängnisseelsorge. Zwei Seelsorger im Gespräch, in: Praktische Theologie; 2021/2 Zeitschrift für Praxis in Kirche, Gesellschaft und Kultur, Gütersloher Verlagshaus: Gütersloh 2021.